Deprem ve devaülasyonla birlikte çöküş süreci başladı
Kocaelispor, 1998'de Kupa Galipleri Kupası'nda ikinci turda, 1999'da ikinci turdan katıldığı Intertoto Kupası'nda 3. turda elendi. UEFA Kupası, Intertoto Kupası ve Kupa Galipleri Kupası gören Kocaelispor'un amatör lige kadar düşüşü 1999 Marmara Depremi ve ardından yaşanan ekonomik krizle başladı. Deprem döneminde lige katılmama hakkını kullanmayan Kocaelispor, devalüasyon yüzünden futbolcu borçlarının katlanmasıyla darboğaza girdi. Ligde ve Avrupa'da da istediği sonuçları alamayan Kocaeli ekibi, buna rağmen 2002 yılında da Türkiye Kupası'nı müzesine götürdü. Ancak 2003'te Süper Lig'den düştü. UEFA Kupası macerası da ilk turda biten Kocaelispor için Avrupa defteri de kapandı.
Sırp futbolcuların borcundan puan silme ve transfer yasağı geldi
2003 ile 2005 arasında 2. Lig şampiyonlukları kaçıran Körfez ekibi, Sırp futbolcular Jestrovic, Dusan ve Tutoric'in kulübü Kızılyıldız'a bonservis borcunu ödeyemediği için FIFA'dan tarihinin ilk puan silme ve transfer yasağı cezasını aldı. 2007-2008'de yeniden Süper Lig'e çıkan Kocaelispor tutunamadı ve 2008-2009 sezonunda tekrar 1. Lig'e, 2009-10 sezonunda da 2. Lig'e düştü. Körfez ekibinin, 2010-11 sezonunda FIFA tarafından eski futbolcu borçları nedeniyle 6 puanı silindi. Altyapısından yetişen gençlerle mücadele eden Kocaeli temsilcisi, 2011-12 sezonunda ilk kez 3. Lig'e düştü. 2012-2013 sezonunda da 3 puanı silinen kulüp ligde kalmayı başardı. Destek kampanyalarıyla transfer yasağını kaldırmaya çalışan ancak gücü yetmeyen Kocaelispor, 2013-2014 sezonu nisan ayında çıktığı son profesyonel maçını da kaybederek amatöre (BAL) düştü.
Alternatif takıma gösterilen reaksiyon takımı yükselişe geçirdi
Kentte Kocaelispor'a alternatif olarak kulüp kurulmasına reaksiyon gösteren taraftarlar, 2014-15 sezonunda yeniden Kocaelispor çatısı altında toplandı. Amatörde her maç "Sevdanın Ligi olmaz" sloganıyla karşılaşmalara giden binlerce taraftara oynayan Kocaelispor, şehrin kenetlenmesinin ardından amatördeki ikinci yılında, 2015-16 sezonunda Bölgesel Amatör Lig'den 3. Lig'e yükseldi. 2016-17 sezonunda bir kez daha puan silme ve küme düşme yaptırımı ile karşılaşan Kocaelispor, kamuoyu baskısının da etkisiyle Büyükşehir Belediyesi'nin desteğini alarak borçların ödenmesi için düğmeye bastı. Yurt genelindeki birçok kulüp "Efsane Kocaelispor yaşasın" diyerek bilet gelirlerini Körfez ekibine bağışladı. Taraftar gruplarının desteğini arkasına alan Kocaelispor, tüm takımların atkılarını stada asarak destekleri için teşekkür etti.
İnişli-çkışlı sürecin sonunda Süper Lig geliyor
Ülke genelindeki futbol camialarının da desteğiyle başını kaldıran Kocaelispor, 2016-17 sezonunda play-off finalinde Altay'a penaltılarla kaybetti, 2018-19 sezonunda ise play-off maçında Çorumspor'a kaybetti. Ancak pandemi nedeniyle tamamlanamayan 2019-2020 sezonunda bitime 5 hafta kala açık ara farkla lider olduğu grupta TFF tarafından şampiyon olarak tescil edildi ve 2. Lig'e yükseldi. Yükselişini sürdüren Kocaelispor, 2020-21 sezonunda play-off maçlarından 1. Lig'e çıkma başarısı gösterdi. Süper Lig'e çıkma hedefiyle mücadele ettiği 2021-22 sezonunda 1. Lig'den düştü, 2022-23'te yine yükseldi. Kocaelispor, 2023-24 sezonunda da Süper Lig hedefini tutturamadı. Yeşil-siyahlı takım, büyük bölümünü liderlik koltuğunda geçirdiği bu sezonda ise şampiyonluğunu ilan etmek için geri sayıma başladı. Ligin 35. haftasında oynanacak Esenler Erokspor maçından alınacak puanla birlikte Körfez ekibi, 16 yıl sonra gelen Süper Lig'i kutlayacak. Nisan 2014'te amatöre düşen Kocaelispor, 11 yıl sonrasında nisan 2025'te Süper Lig'e yükselmeyi garantileyecek.